Di Desa Banua mengenal dua musim yaitu musim kemarau dan musim hujan. Musim kemarau berkisar antara Bulan April sampai dengan Bulan Oktober sedangkan musim hujan berkisar antara Bulan November sampai dengan Bulan Maret. Saat-saat tertentu perubahan cuaca sangat cepat terjadi terutama terjadi kabut disepanjang hari. Musim dingin puncaknya terjadi pada Bulan Juni s/d Juli yaitu saat musim kemarau.Berdasarkan penggolongan/klasifikasi iklim yang dikemukakan oleh Oledeman maka seperti halnya daerah lain di Kecamatan Kintamani, Desa Banua meliputi tipe iklim D yang peredarannya antara lain sebagai berikut :

Desa Banua sering mengalami angin kencang tepatnya di sasih kewulu (sistem penanggalan tradisional Bali) yaitu kira-kira di bulan Februari. Telah menjadi kebiasaan, pada saat terjadi angin kencang ini warga Desa telah melakukan antisipasi dengan memberikan tambahan penguat bagi rumah mereka. Tidak sedikit pada saat terjadi hujan angin ini ada rumah warga yang mengalami kerusakan. Hal ini menunjukkan bahwa dari sisi iklim bahwa Desa Banua rentan terhadap bencana alam.

Dalam arti luas yang dimaksud dengan hidrologi adalah  meliputi ketersediaan sumber air terutama air permukaan dan air dalam tanah. Wilayah Binaan (Wilbin) Desa Banua merupakan wilayah Hulu, sehingga secara langsung berpengaruh terhadap ketersediaan air permukaan, karena karean tepat di batas wilayah Desa sebelah Barat Laut merupakan hulu sungai yang mempunyai sumber mata air  yang cukup besar dan mengalir sepanjang tahun.  Sumber  mata air inilah yang menjadi sumber air bersih bangi masyarakat Desa Banua secara keseluruhan.  Sedangkan kebutuhan air untuk lahan pertanian, sangat tergantung dari musim hujan karena sumber Mata air yang ada terletak dibawah dari permukaan wilayah Desa Banua.