Desa Banua sebagai sebuah Desa bisa dibilang merupakan sebuah Desa Kecil, yang terdiri dari satu dusun, yaitu Dusun Banua. Berdasarkan Pertemuan antara prajuru adat, tokoh masyarakat Desa Banua dan penglisir Puri Kayubihi pada saat menghadiri undangan melaspas di Puri Kayubihi, terungkap sejarah Desa Banua dimulai semenjak zaman kerajaan Bangli, Pada masa itu wilayah yang kini bernama Desa Banua tidaklah berpenghuni, hal ini dikarenakan tidak ada rakyat dari kerajaan Bangli yang mau menetap dan tinggal di sana karen letaknya yang berada di ujung selatan, dimana wilayahnya berbatasan langsung dengan wilayah kerajaan Payangan.
Pada saat itu kehidupan sangat sulit, dimana bencana alam dan himpitan kehidupan sangat dirasakan oleh rakyat Kerajaan Bangli. Dari kondisi tersebut kemudian Raja Bangli saat itu mengutus rakyat dari Desa Kayubihi untuk menetap di wilayah tersebut. Hal tersebut dicapai berdasarkan paruman atau Bebanuaan atau kesepakatan bersama antara Raja Bangli dan Masyarakat Kayubihi yang bersedia pindah. Hali inilah yang diyakini sehingga wilayah ini sampai saat ini disebut dengan Desa Banua karena dihasilkan dengan Bebanuaan.
Mulai semenjak itulah akhirnya banyak masyarakat dari berbagai wilayah dikerajaan Bangli tidak hanya dari Kayubihi mau menetap di Desa Banua, sehingga sampai sekarang dapat ditemui masyarakat Desa Banua mempunyai Kawitan leluhur dari berbagai wilayah.
Pada kisaran tahun 1960an Desa Banua menganut sistem Pemerintahan Kelihan Manca yang merupakan sistem pemerintahan gabungan dari 5 Desa yaitu Desa Banua, Desa Katung, Desa Abuan, Desa Mangguh, dan Desa Bayung Gede, dengan Bayung Gede sebagai pusat pemerintahan. Oleh karena sistem pemerintahan ini tidak berjalan secara baik dan berkeadilan di semua desa yang tergabung didalamnya maka dibentuklah pemerintahan atau perbekelan dimasing-masing desa tersebut diatas yang berjalan sampai saat ini.